Elk jaar rond 100 studenten, voornamelijk mannen en een handje vol vrouwen, starten met hun opleiding aan het maritiem instituut Willem Barentsz op Terschelling. De studenten worden opgeleid om maritiem officiel of hydrograaf te worden. Wanneer de opleiding volbracht is, zullen zij de grootste schepen ter wereld, of ze zullen de diepste wateren in kaart brengen. Zeebenen geeft een filmisch kijken in het leven op de 140-jaar oude zeevaartschool. De liefde die de (oud)- studenten delen voor het zeevaart bestaan, de studentenvereniging WBS en de sterke band tussen de studenten is de focus van de film. De overgave is nodig voor de keuze voor een leven op zee en alle offer die daarbij horen, speelt een belangrijke rol in het leven van de zeevarenden. De documentaire vertelt het verhaal van Luuk (18), een eerste jaars student. Hij is er van overtuigd dat het zeevaartbestaan zijn roeping is en hij wil dit al heel lang. En dat van Piet (64), een voormalige student. Na een prachtige tijd op zee, kijkt hij terug op, volgens hem, de beste tijd van zijn leven.